domingo, 2 de junio de 2019

ADN Recombinante en la Naturaleza y ADNR Artificial otavirus




El DAN se recombina de forma natural, en el caso del rotavirus, se da al tener contacto con los enterocitos, es decir durante la infección viral. Dentro de esta nucleocápside se encuentran los once segmentos de ARN de doble cadena que constituyen el genoma del virus. Estos segmentos cerca de 4,500 pb están organizados con una simetría que parece depender del ensamble icosahédrico de VP2, la cual al hacer contacto con los segmentos de ARN, induce en estos a su recombinación. Las proteínas VP1, VP2 y VP3 están involucradas en la organización del genoma dentro de la nucleocápside mediante interacciones ARN-proteína.

Resultado de imagen para recombinación de adn rotavirus

Cuando dos cepas diferentes de rotavirus infectan a la misma bacteria, sus ADNs pueden intercambiar segmentos y, como consecuencia, pueden aparecer partículas virales recombinantes con nuevas combinaciones genéticas.



La introducción de mutaciones específicas en el genoma de un virus ha permitido en muchos casos el estudio de las funciones de genes individuales, y de secuencias del genoma viral. 

 Las cepas CDC Barry C Buckland. Nature 2 recombinantes se consiguen mediante la coinfección de cultivos celulares con cepas de rotavirus animales y humanos, produciéndose nuevas cepas con segmentos de RNA de las dos cepas originales. Se seleccionan las cepas cuyo RNA codifica las proteínas virales determinantes del serotipo.







En 1998 la FDA aprobó la vacuna frente al rotavirus (Rotashield®) de los laboratorios Wyeth. Se trataba de una vacuna de virus recombinantes humanos-simios tetravalente, con los serotipos G1-G4. La vacuna fue retirada del mercado por el propio laboratorio un año después del lanzamiento por una posible relación con varios casos de invaginación intestinal. 




https://addi.ehu.es/handle/10810/21457
http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1850-00132016000200011
https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=24&ved=2ahUKEwimp_7A5KvjAhXHrFkKHbAyACMQFjAXegQIBhAC&url=http%3A%2F%2Fwww.microbiologiaysalud.org%2Fwp-content%2Fuploads%2F2015%2F03%2FVacuna-Rotavirus-FT.pdf&usg=AOvVaw2PwnXCdq5i1feBs7-sZnTP

domingo, 26 de mayo de 2019

Prueba Molecular para Gastroenteritis por Rotavirus





Los métodos moleculares detectan la presencia de ARN virico, bien poniendo de manifiesto segmentos de ARN bicatenario mediante la electroforesis en gel de poliacrilamida(PAGE), o bien amplificando por PCR el ADNc sintetizado en la transcripción inversa, requieren la extracción previa del ácido nucleico vírico y la eliminación de inhibidores que pueden interferir en la reacción de RT-PCR. Tienen la ventaja de que permiten caracterizar los diferentes aislados, por el patrón electroforético del ARN virico (electroforetipo) o tambien se utiliza en el genotipado por microarrays.
El material biológico utilizado había sido cedido por Vircell MICROBIOLOGISTS.Se envió una alícuota liofilizada de heces. La prueba de detección de rotavirus fue realizada por los 80 centros participantes.los métodos utilizados en la identificación del rotavirus, de las 85 determinaciones efectuadas, 64 se hicieron mediante inmunocromatografía (el 75,3%) y 2 por microarray (2,4%).





https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=3&ved=2ahUKEwjqhZON1avjAhVG2FkKHQY3DwUQFjACegQIAxAC&url=https%3A%2F%2Fwww.tdx.cat%2Fbitstream%2Fhandle%2F10803%2F10085%2Fgutierrez.pdf%3Fsequence%3D1%26isAllowed%3Dy&usg=AOvVaw2aqp25QlKfXn4TG5loYC5n


domingo, 19 de mayo de 2019

prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa para Rotavirus




Tema: “Diversidad de Rotavirus A en niños con gastroenteritis aguda en Lima, Perú”

Objetivo: Determinar la frecuencia de Rotavirus A en muestras e Identificar los genotipos de Rotavirus A presentes en las muestras positivas mediante la amplificación de los genes VP7 (G) y VP4 (P) por RT-PCR.

Muestra: heces provenientes de una población infantil con gastroenteritis aguda

Gen a amplificar: VP7 (G) y VP4 (P)

ADN: ARN viral

Extracción de ADN: El ARN viral de doble cadena se extrajo con el kit de extracción QIAmp Viral RNA de Qiagen (Catalog #52904/6)

Tipo de PCR: qRT-PCR

Procedimiento:

Se preparó un pre mix con los cebadores, añadiendo 2 μl por reacción de 20 μM NVP3- FDeg y 2 μl por reacción de NVP3-R1.

Posteriormente se añadieron 2 μl de ARN a la mezcla de cebadores.

La mezcla se desnaturalizó en un termociclador a 97°C por 5 minutos.

Se preparó el master mix usando el Kit QuantiTect® Probe RT-PCR (QIAgen Catalog # 204443). Posteriormente, se agregaron los 6μl del mix ARN y cebadores a los tubos con el master mix.

Se colocaron los tubos en el termociclador (Lighcycle™ 96) y se realizó el siguiente perfil de ciclos: 45 ciclos de 95ºC por 15 segundos y 1 minutos a 60ºC.

Hibridación: 30  segundos 50ºC

Elongación: 15 segundos a 95ºC

Visualización:  fluorescencia por resonancia (FRET)

Conclusión: Rotavirus estuvo presente en el 10% de las muestras analizadas mediante el test de qRT-PCR. El 62.2% de los casos positivos se presentó entre niños, mientras que el 37.78% de niñas obtuvo resultados positivos; no existiendo diferencia significativa. En el presente estudio, se reporta por primera vez en el Perú la presencia del genotipo G12P[8] perteneciente al linaje III.


https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiqguO1pKTjAhXBx1kKHUrRAeQQFjAAegQIAxAB&url=http%3A%2F%2Frepositorio.urp.edu.pe%2Fhandle%2Furp%2F590&usg=AOvVaw1hJ4dsrVsJjcYsS1uzqHfl

domingo, 5 de mayo de 2019

Alteraciones en el Epigenómica de la Gastroenteritis por Rotavirus

Resultado de imagen para rotavirus epigenomica


la epigenómica abarca el estudio de los elementos funcionales clave que regulan la expresión génica en una célula
Dentro de estos elementos funcionales encontramos al medio ambiente punto de vital importancia dentro de la gastroenteritis por rotavirus debido a ser trasmitido cuando existe una mala higiene. El microbioma intestinal tiene una vital improtancia debido a que si existe alguna alteración en ella puede beneficiar a la mutación del virus. 




domingo, 28 de abril de 2019

Alteraciones de la Traducción en rotavirus

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Las moléculas de ARNm son traducidas para sintetizar las proteínas necesarias para el ensamblaje de la partícula del virión o la replicación para sintetizar el genoma . La replicación y el ensamblaje de los componentes del virus ocurren en el viroplasma donde se producen las partículas de doble capa (progenie) que brotan hacia el retículo endoplasmático para adquirir la capa más externa. Finalmente, los viriones salen de la célula mediante lisis o un proceso de gemación.

Bibliografía:
https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=8&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiD4dy89rrjAhUM11kKHQruCv8QFjAHegQICRAC&url=https%3A%2F%2Fwww.clinicalascondes.cl%2FDev_CLC%2Fmedia%2FImagenes%2FPDF%2520revista%2520m%25C3%25A9dica%2F2014%2F3%2520abril%2F10-Dra.Lucero.pdf&usg=AOvVaw2O5uuMlYzwU6cXwyF_VPxU
https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=9&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiD4dy89rrjAhUM11kKHQruCv8QFjAIegQIBBAB&url=http%3A%2F%2Fwww.revistasbolivianas.org.bo%2Fscielo.php%3Fpid%3DS1652-67762007000100017%26script%3Dsci_arttext&usg=AOvVaw0hhEzz2ei_9SIfaLSsSwp1

domingo, 21 de abril de 2019

Alteraciones de la Transcripción en rotavirus

Imagen relacionada
Para que se inicie la replicación viral es necesario que se active la RNA polimerasa viral (Transcriptasa) que es la VP 1 contenida en el core viral. Esta va a producir RNA mensajeros, los cuales van a realizar copias de cada uno de los 11 segmentos del RNA viral, que son los que finalmente van a contener los genes que van a codificar cada una de las moléculas estructurales y no estructurales donde se van sintetizando, la NSP 1 y la NSP 3para el ensamblaje del PRECORE, se une la VP 2 en el viroplasma con intervención de la NSP 2 y la NSP 5 formándose el CORE.

Bibliografía:
http://repositorio.unsa.edu.pe/bitstream/handle/UNSA/5525/MDalcocw.pdf?sequence=1&isAllowed=y